社員の遅刻や欠勤が多発しています。遅刻による不就労控除、無断による欠勤控除などを行うことは労働法上問題ありませんか？

問題ございません。 なお、他の従業員にも悪影響となる可能性もあるため、個別面談にて改善要求を行ったり、改善されない場合は、場合によっては警告書の発行も検討が必要になるかもしれません。