駐在員事務所へのPE課税、税務調査などは頻繁に行われるものでしょうか。

積極的な介入はあまり見られませんが、原則として2年間の有効期間が定められているため、それ以上の延長を希望する場合には実質の事業運営等も考慮されたうえで再度審査がなされます。