年末までに有給を消化できない社員がいます。当該社員の有給休暇の買取を行っても問題ないですか？

問題はございませんが、買取を行う場合、従業員が辞めるタイミングで一度に支払うと多額の費用負担となる可能性がございます。 1年ごとに清算を行うことで、企業側の負担が軽減されると思います。