海外では、給与を手取り額で決定すると聞いたことがありますがこの際社会保険料などは会社が負担するのでしょうか？

個別具体的な状況については、専門家への相談をおすすめします。フィリピンにおける労務の実務に精通した専門家が、貴社の状況に合わせて回答いたします。