会社清算時に税務調査などはありますでしょうか？

ございます。歳入局担当官の進み方次第となりますが、一般的に、駐在員事務所の閉鎖の場合は約6ヵ月～10ヵ月程、法人の場合は、1年～（長いと）3年程調査に時間がかかります。