日・インド社会保障協定に基づき、インドでの社会保障加入免除（社会保障料支払い免除）を受けるために、適用証明書(Certificate of coverage)を日本で取得したのですが、インドではどのような対応をすればいいのでしょうか？

日本側にて取得した適用証明書については、インドの出向先に提出（共有）します。通常は、当該証明書をもとにインドにおける社会保障制度（Employees' Provident Fund Organization（EPFO）等）の加入免除の取扱いが行われます。

実務上は、現地法人にて証明書を保管し、必要に応じて当局へ提出または提示する対応が一般的です。