社宅費に関して、日本本社からの負担とした場合、個人所得税上の家賃課税所得の上限である15%は適用されるのでしょうか。

適用されます。 仮に日本本社からの負担とした場合でも、直接個人の銀行口座で家賃分を受け取っているわけではないため、会社負担扱いとなります。 そのため家賃分としての課税は総所得の15%が上限となります。 ただし、日本本社で家賃を負担する場合、日本の税法上寄付金と見なされ、損金不算入となる可能性がありますので、 事前にご確認いただくことを推奨いたします。